สำนักข่าว worldbulletin รายงานว่า แม้ว่าความตึงเครียดบริเวณมัสยิดอัลอักซอจะลดลงในช่วงนี้ แต่ชาวปาเลสไตน์ยังคงเป็นกังวลแผนร้ายของอิสราเอลในการแบ่งมัสยิดของชาวมุสลิม ตามวัตถุประสงค์ที่แท้จริงของอิสราเอล
โดยความรุนแรงล่าสุดบริเวณมัสยิดอัลอักซอ มีขึ้นหลังชาวปาเลสไตน์ถูกกองกำลังอิสราเอลสังหารโหดใกล้พื้นที่มัสยิด หลังกองกำลังอิสราเอลได้ใช้กำลังคุ้มกันนักการเมือง และนักการศาสนาชาวยิวเข้าไปทำพิธีทางศาสนายิวในมัสยิดอัลอักซอ และใช้กำลังโจมตีชาวมุสลิมที่อยู่ในมัสยิด
ความรุนแรงถูกเร้าให้เกิดความรุนแรงหนักขึ้นโดยชาวยิวที่บุกรุกเข้าไปสร้างบ้านเรือนอยู่ในดินแดนของชาวปาเลสไตน์ โดยมีกองกำลังอิสราเอลคอยคุมกัน และมีการบุกเข้าไปในบริเวณมัสยิดอัลอักซอหลายครั้ง
Ikrima Sabri หัวหน้าสภาอุลามะ และหัวหน้ามุฟตีของเยรูซาเล็ม กล่าวแสดงความกังวลหลังจากชาวยิวได้มีการดำเนินพิธีกรรมมูคิดตามความเชื่อทางศาสนายิวมากขึ้นในบริเวณมัสยิดอัลอักซอ แต่ชาวมุสลิมเจ้าของมัสยิดกลับถูกห้ามการเข้าทำละหมาด โดยเป็นส่วนหนึ่งของแผนการที่อิสราเอลต้องการแบ่งแยกพื้นที่มัสยิดอัลอักซอ หลังอิสราเอลใช้กำลังยึดครองกรุงเยรูซาเล็มของชาวปาเลสไตน์มาตั้งแต่ปี 1967 โดยไม่ได้รับการรับรองจากสหประชาชาติ และยังกำหนดให้จอร์แดนเป็นผู้ดูแลมัสยิดอัลอักซอ แต่อิสราเอลยังคงละเมิดข้อตกลงต่างๆ ต่อเนื่อง
ในเดือนกันยายนปี 2000 นายเอเรียล ชารอน ผู้นำอิสราเอลได้เดินทางนำชาวยิวกลุ่มใหญ่เข้ามาในบริเวณมัสยิดอัลอักซอ จุดประกายการเกิดอิติฟาดารอบที่ 2 ต่อเนื่องหลายปีในความพยายามต่อสู้โดยไร้อาวุธของชาวปาเลสไตน์ที่ต้องการต่อต้านการคุกคามของกองกำลังติดอาวุธอิสราเอล
หลังจากนั้นรัฐบาลอิสราเอลได้ประกาศในปี 2003 ให้ผู้ที่ไม่ใช่มุสลิมเข้าไปในบริเวณของมัสยิดอัลอักซอได้
นับจากนั้นเป็นต้นมา รัฐบาลที่ครองอำนาจโดยกลุ่มหัวรุนแรงของอิสราเอลได้นำชาวยิวหัวรุนแรงที่สร้างบ้านเรือนอยู่ในแผ่นดินของชาวปาเลสไตน์ บุกเข้าไปในบริเวณของมัสยิดอัลอักซอภายใต้การคุ้มกันของกองกำลังติดอาวุธมากยิ่งขึ้น กลับกันชาวปาเลสไตน์เจ้าของพื้นที่กลับถูกจำกัดพื้นที่ในการเข้าปฎิบัติศาสนกิจในมัสยิดมากยิ่งขึ้น
โดยในระดับนานาชาติเป็นที่ยอมรับกันว่ามัสยิดอัลอักซอเป็นมัสยิดสำคัญอันดับที่ 3 ของชาวมุสลิม แต่ชาวยิวหัวรุนแรงหรือไซออนิสต์ได้อ้างว่าที่ตั้งของมัสยิดดังกล่าวเป็นที่ตั้งของ “เพิลเมาท์” หรือวัดโบราณของชาวยิว
โดยคำเตือนดังกล่าวยังได้ยกตัวอย่างการดำเนินการของอิสราเอลในการยึดครองมัสยิดอิบรอฮีม ในเฮบรอน เขตเวสต์แบงก์ ที่อิสราเอลนำชาวยิวบุกเข้าไปในมัสยิดดังกล่าวเมื่อปี 1990 โดยอ้างว่าต้องการเคารพหลุมศพของนักบวชยิวโบราณที่เป็นที่เขารพของชาวยิว จนทำให้เกิดกระปะทะกันอย่างรุนแรงกับชาวปาเลสไตน์ในพื้นที่
โดยจากนั้นในวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 1994 กลุ่มหัวรุนแรงชาวยิวได้บุกเข้ามาในมัสยิดพร้อมอาวุธก่อนก่อเหตุกราดยิงชาวปาเลสไตน์ที่กำลังละหมาดซุบฮิ ทำให้ชาวปาเลสไตน์ 29 คนเสียชีวิต และอีกหลายคนบาดเจ็บจนนำมาซึ่งการประท้วงขนาดใหญ่เกิดขึ้นหลังเหตุดังกล่าว
โดยรัฐบาลอิสราเอลได้เร่งออกมาประณามเหตุดังกล่าว พร้อมกับฉวยโอกาสดังกล่าวในการแบ่งมัสยิดอิบรอฮีมให้กับชาวยิว จนถึงปัจจุบัน
สำหรับในส่วนของมัสยิดอัลอักซอ ก่อนหน้านี้อิสราเอลได้ตั้งด่านตรวจรอบมัสยิด และวางกำลังและทดลองด้วยการแบ่งพื้นที่มัสยิดอัลอักซอเป็นการชั่วคราวมาแล้ว แต่ชาวปาเลสไตน์เชื่อว่าชาวมุสลิมทั่วโลกจะไม่ยอมกับสถานการณ์ที่มัสยิดอัลอักซาเป็นเหมือนกับมัสยิดอิบรอฮีมก่อนหน้านี้