สื่อมวลชนและรัฐบาลเผยพบผู้เสียชีวิตแล้ว 3 ราย บ้านเรือนพังถล่มหลายหลังและรถไฟตกราง จากแผ่นดินไหวรุนแรงราว 6.2 ถึง 6.4 เขย่าเกาะคิวชู ทางตะวันตกเฉียงใต้ของญี่ปุ่น ขณะที่ชาวบ้านต้องผวาซ้ำ หลังอีกราว 30 นาทีได้เกิดแผ่นดินไหวเบากว่านั้นเล็กน้อยในพื้นที่เดียวกันและมีอาฟเตอร์ช็อกตามมาอีกกว่า 20 หน
สำนักงานสำรวจธรณีวิทยาสหรัฐฯ (USGS) ระบุว่าแผ่นดินไหวครั้งแรกอยู่ห่างจากเมืองคุมาโมโตะ บนเกาะคิวชู ไปทางตะวันออก 11 กิโลเมตร พร้อมระบุว่าวัดความรุนแรงได้ 6.2 ก่อนปรับลดลงมาเหลือ 6.0 ส่วนทางสถานีโทรทัศน์เอ็นเอชเคของญี่ปุ่น วัดความรุนแรงของแผ่นดินไหวได้ 6.4
โยชิฮิเดะ ซูกะ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีและโฆษกรัฐบาล แถลงว่ามีผู้ได้รับบาดเจ็บอย่างน้อย 12 คนและบ้านเรือนพังถล่ม 19 หลังในจังหวัดคุมาโมโตะ บนเกาะคิวชู พร้อมระบุว่าการส่งทหาร 350 นายเข้าไปยังพื้นที่เพื่อช่วยเหลือผู้ประสบภัยแล้ว
ด้านสถานีโทรทัศน์เอ็นเอชเค รายงานว่ามีผู้เสียชีวิต 3 รายและอาจมีผู้คนติดอยู่ใต้ซากหักพังจำนวนหนึ่ง แม้ว่ายังไม่มีคำยืนยันเกี่ยวกับตัวเลขผู้เสียชีวิตออกมาจากทางการ
ไม่กี่ชั่วโมงต่อมา เกิดแผ่นดินไหวอีกรอบ วัดความรุนแรงได้ 5.7 สั่นสะเทือนพื้นที่เดียวกัน ตอนเวลาประมาณเที่ยงคืนตามเวลาท้องถิ่น จากรายงานของกรมอุตุนิยมวิทยาญี่ปุ่น ขณะที่ทางสำนักงานสำรวจธรณีวิทยาสหรัฐฯ วัดความรุนแรงของแผ่นดินไหวรอบสองได้ที่ 5.4 พร้อมคาดหมายว่าจะเกิดอาฟเตอร์ช็อกต่อเนื่องไปราวๆ 1 สัปดาห์
นายกรัฐมนตรีชินโซ อาเบะ เรียกประชุมฉุกเฉินเหล่าเจ้าหน้าที่ด้านสถานการณ์ฉุกเฉินที่สำนักงานของเขาเพื่อวางแผนตอบสนองต่อสถานการณ์ภัยพิบัติครั้งนี้
คณะกรรมการกฎระเบียบด้านพลังงานนิวเคลียร์ของญี่ปุ่น บอกว่าไม่พบเห็นสิ่งผิดปกติตามโรงงานไฟฟ้าพลังงานนิวเคลียร์ 3 แห่งบนเกาะคิวชูและบนเกาะชิโกกุจากแผ่นดินไหวลูกแรก ส่วนเจ้าหน้าที่รายหนึ่งของโรงไฟฟ้าเซนได บนเกาะคิวชู ซึ่งไม่ประสงค์เอ่ยนาม เผยว่าโรงไฟฟ้ายังคงปฏิบัติการตามปกติ แต่เจ้าหน้าที่ก็กำลังตรวจสอบหาความผิดปกติใดๆ
“เรากำลังทำอย่างดีที่สุดสำหรับมาตรการจัดการภัยพิบัติฉุกเฉิน ด้วยมือเป้าหมายลำดับแรกคือปกป้องและช่วยเหลือเหยื่อผู้ประสบภัย” นายซูกะระบุ “ผมร้องขอประชาชนในพื้นที่ประสบภัยให้อยู่ในความสงบและช่วยเหลือซึ่งกันและกัน”
สถานีโทรทัศน์เอ็นเอชเครายงานว่ามีอาคารบางแห่งพังถล่มลงมาในเมืองมาชิกิ ในจังหวัดคุมาโมโตะ และมีความเป็นไปได้ว่าอาจมีผู้คนติดอยู่ภายใน แม้ยังไม่มีรายละเอียดที่แน่ชัด ขณะที่ภาพข่าวเผยให้เห็นภาพบ้านหลังหนึ่งไฟไหม้ โดยมีเจ้าหน้าที่กำลังพยายามดับเพลิง พร้อระบุว่าแผ่นดินไหวเป็นต้นตอให้เกิดไฟไหม้ 3 จุด
สำนักข่าวจิจิเพรส รายงานว่าบนเกาะคิวชูได้ระงับให้บริการรถไฟชินคันเซ็นหรือรถไฟหัวกระสุน ขณะที่เอ็นเอชเค บอกว่ามีขบวนหนึ่งเกิดตกราง แต่เคราะห์ดีที่ตอนนั้นไม่ได้บรรทุกผู้โดยสาร และไม่เป็นที่ชัดเจนว่าตอนเกิดเหตุรถไฟกำลังเดินทางอยู่หรือจอดนิ่งอยู่กับที่
ภาพข่าวของเอ็นเอชเคยังเผยให้เห็นความเสียหายบางส่วน ในนั้นรวมถึงพื้นคอนกรีตที่แตกร้าวและชาวบ้านยืนอยู่ที่โล่งแจ้งกำลังใช้โทรศัพท์ ขณะที่ชาวบ้านบางคนเผยว่าแรงสั่นสะเทือนของแผ่นดินไหวรุนแรงมากและทำให้ไฟฟ้าดับในบางพื้นที่
ญี่ปุ่นตั้งอยู่บนแผ่นเปลือกโลก4แผ่นที่มาบรรจบกัน และร้อยละ 20 ของแผ่นดินไหวรุนแรงที่เกิดขึ้นบนโลกในแต่ละปี เกิดขึ้นที่ประเทศญี่ปุ่น อย่างไรก็ตามด้วยดินแดนแห่งนี้มีกฎหมายควบคุมอาคารอันเข้มงวดและบังคับใช้อย่างจริงจัง ทำให้ไม่เกิดความเสียหายมากนัก แม้เผชิญแผ่นดินไหวรุนแรงกว่านี้
อย่างไรก็ตามแผ่นดินไหวใต้ทะเลรุนแรงในวันที่ 11 มีนาคม 2011 กระพือสึนามิขนาดยักษ์ซัดถล่มชายฝั่งตะวันออกของญี่ปุ่น จนมีผู้เสียชีวิตและสูญหายราว 18,500 ทำให้เกิดภาวะหลอมละลายของเตาปฏิกรณ์นิวเคลียร์ ณ โรงไฟฟ้าพลังงานนิวเคลียร์ฟูกูชิมะ กลายเป็นอุบัติเหตุทางนิวเคลียร์ครั้งเลวร้าย