ความสับสนกับเครื่องบินสายการบินอียิปต์แอร์ที่กลับมาอยู่ในสถานะสูญหายอีกครั้ง หลังเจ้าหน้าที่กรีซเผยในวันพฤหัสบดี(19 พฤษภาคม) ว่าเศษซากที่พบในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน ไม่ได้มาจากเที่ยวบินดังกล่าว หลังก่อนหน้านี้หลายฝ่ายออกมายืนยันการตกของเที่ยวบินดังกล่าวและคณะสืบสวนได้ลงมือสืบสวนความเป็นไปได้ที่มันจะถูกทำให้ตกด้วยระเบิดแล้วก็ตาม
เบื้องต้นอียิปต์แอร์เขียนเป็นภาษาอังกฤษในบัญชีทวิตเตอร์ของสายการบิน ระบุว่ากระทรวงการบินพลเรือนของอียิปต์เพิ่งได้รับหนังสืออย่างเป็นทางการจากกระทรวงการต่างประเทศอียิปต์ ยืนยันว่าการพบซากของเครื่องบินลำที่สูญหาย เที่ยวบินเอ็มเอส 804
“คณะสืบสวนของอียิปต์กำลังปฏิบัติการร่วมกับคณะสืบสวนของกรีซ ในการค้นหาซากอื่นๆของเครื่องบินลำที่สูญหาย”ทวิตเตอร์ของอียิปต์แอร์ระบุ ขณะที่นายอาห์เมด อเดล รองประธานสายการบินบอกกับซีเอ็นเอ็นว่าตอนนี้ปฏิบัติการช่วยเหลือถูกเปลี่ยนเข้าสู่การค้นหาและกู้ซากแล้ว
อย่างไรก็ตามในเวลาต่อมา นายอทานาซิออส บินิส ประธานองค์การความปลอดภัยด้านการบินของกรีซบอกกับเอเอฟพีว่า เศษซากที่พบในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน ใกล้บริเวณที่เชื่อว่าเป็นจุดตกของเครื่องบินโดยสารอียิปต์แอร์ ไม่ได้มาจากเครื่องบินลำดังกล่าว
“จนถึงตอนนี้ผลจากการวิเคราะห์เศษซากต่างๆบ่งชี้ว่ามันไม่ได้มาจากเครื่องบิน และหัวหน้าหน่วยงานความปลอดภัยด้านการบินของอียิปต์ก็ยืนยันกับผมเช่นกันว่า ยังไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่ามันเป็นของเครืองบินอียิปต์แอร์” เขากล่าว หลังจากก่อนหน้านี้สายการบินและเจ้าหน้าที่อียิปต์ยืนยันว่าเศษซากที่พบใกล้ๆของเกาะแห่งหนึ่งของกรีซ เป็นของเครื่องบินลำนี้